Zülal ilə zülal əlaqəsi (ingiliscə Protein–protein interaction, qısaca PPI) - İki və ya daha çox protein molekulunun fiziki əlaqəsidir. Mahiyyəti Bu interaksiyalar bioloji proseslərin çoxu üçün çox vacibdir, məsələn, siqnal ötürülməsi, enzimatik tənzimləmə, hüceyrə strukturlarının yaranması və immun cavablar. PPI-lərin öyrənilməsi hüceyrə funksiyalarını və bir çox xəstəliklərin molekulyar mexanizmlərini anlamaqda əsas rol oynayır. Proteinin bioloji sistemlərdəki əsas molekul olması, çox vaxt digər proteinlərlə birgə fəaliyyət göstərməsi ilə əlaqəlidir. Bu interaksiyalar protein komplekslərinin formalaşmasına və bu komplekslərin hüceyrə proseslərində vacib rol oynamasına səbəb olur. PPI-lər müvəqqəti və ya sabit ola bilər və ya eyni protein kompleksi daxilində, ya da fərqli hüceyrə kompartmentlərindən olan proteinlər arasında baş verə bilər. Protein komplekslərinin formalaşması hüceyrə bölgüsü, transkripsiyanın tənzimlənməsi və hüceyrə siqnalı kimi proseslər üçün çox vacibdir. Növlər - Homotipik interaksiyalar: İki eyni protein arasında baş verən əlaqələr. - Heterotipik interaksiyalar: Fərqli proteinlərin bir-biri ilə əlaqəsi, bu növ hüceyrə proseslərində ən çox rastlanan interaksiyadır. - Müvəqqəti və sabit interaksiyalar: Müvəqqəti interaksiyalar qısa müddətli olur və çox vaxt dinamik hüceyrə proseslərində iştirak edirlər, sabit interaksiyalar isə uzun müddət davam edən və daimi protein kompleksləri yaradan əlaqələrdir. - Əks olunan və əks olunmayan interaksiyalar: Bəzi interaksiyalar biokimyəvi proseslərlə geri dönə bilər, bəziləri isə geri dönməz olur və güclü, sabit komplekslər yaradır. PPI-lər zülalların müvafiq formalarda birləşməsindən, elektrostatik əlaqələrdən və kimyəvi bağlardan asılıdır. Bu əlaqələrin növləri aşağıdakılardır: - Hidrogen bağları: Elektronegativ atomlarla hidrogen atomları arasında qeyri-kovalent əlaqələr. - Hidrofobik interaksiyalar: Zülalların qeyri-polar hissələrinin birləşməsi, bu da suyun xaric edilməsi ilə baş verir. - Elektrostatik interaksiyalar: Bir birinə zidd yüklü amin turşusu qalıqlarının bir-birinə təsiri. - Van der Waals gücləri: Zülal atomları arasında yaxın məsafədə baş verən zəif qeyri-kovalent əlaqələr. Bu interaksiyalar, hər bir zülalın səthindəki spesifik amin turşusu qalıqlarına və əlaqəli zülalın ümumi strukturuna əsaslanır. PPI-lərin öyrənilməsi bioloji hadisələrin çoxunu başa düşmək üçün vacibdir və bu interaksiyaların tədqiqi üçün müxtəlif üsullar mövcuddur: - Yaşıl iki-hibrid (Y2H): Zülalların bir-biri ilə fiziki əlaqələrini yoxlamaq üçün istifadə olunan genetik üsul. Əgər iki protein birləşirsə, reporter geni aktivləşir, bu da uğurlu interaksiyanı göstərir. - Ko-immünoprisipasiya (Co-IP): Biokimyəvi üsulda, bir antikor istifadə edərək hədəf zülal kompleksindən ayrılır və əlaqəli zülalların müəyyən edilməsi həyata keçirilir. - Səth plazmon rezonansı (SPR): Proteinlər arasında bağlanma interaksiyalarını real vaxtda ölçmək üçün biofizik üsuldur, bu zaman reflektiv indeksi dəyişməsi aşkarlanır. - Kütlə spektrometriyası (MS): PPI-ləri aşkar etmək üçün istifadə olunan üsul olub, protein komplekslərinin kütləsini ölçərək zülalların və onların komplekslərinin tanınmasını təmin edir. - Fluoresansiya enerji transferi (FRET): İki flüoresan etiketli molekul arasında enerji transferini aşkar edərək zülalların bir-biri ilə əlaqəsini izləməyə imkan verən üsuldur. - Protein mikroarraylari: Yüksək axınlı üsul, çoxsaylı interaksiyaları eyni anda aşkar etməyə imkan verir. Bu üsulda proteinlər sabit bir səthə tətbiq edilir və bağlanma hadisələri aşkar edilir.
https://www.creative-proteomics.com/blog/index.php/brief-introduction-of-protein-protein-interaction-ppi/#:~:text=Protein%20and%20protein%20interactions%20(PPIs,events%20and%2For%20electrostatic%20forces.
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3947875/
https://en.wikipedia.org/wiki/Protein%E2%80%93protein_interaction
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1155/2014/147648
https://www.thermofisher.com/az/en/home/life-science/protein-biology/protein-biology-learning-center/protein-biology-resource-library/pierce-protein-methods/overview-protein-protein-interaction-analysis.html
https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/protein-protein-interaction
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8641042/
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1047847724000583
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/pr201211w
https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/1039342/
Tarix : 14 yanvar 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
