T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation) - Çoxlu ardıcıllıq hizalanması (Multiple Sequence Alignment, MSA) üçün nəzərdə tutulmuş etibarlı və dəqiq bir alqoritm. Tarix 2000-ci ildə Cedric Notredame, Desmond Higgins və Jaap Heringa tərəfindən təqdim edilmişdir və bioinformatika sahəsində geniş istifadə olunur. Mahiyyəti Bu metod konsensus əsaslı yanaşma tətbiq edərək, müxtəlif hizalama alqoritmlərinin nəticələrini birləşdirir və ən optimal hizalanma modelini yaradır. T-Coffee, xüsusilə filogenetik analizlər, struktur bioinformatikası və proteomika kimi sahələrdə geniş istifadə edilir. Əsas xüsusiyyətləri 1. Konsensus(Ardıcıllıq) əsaslı metod Ənənəvi hizalama metodları (məsələn, ClustalW, MUSCLE) ardıcıllıqları birbaşa proqressiv və ya iterativ üsullarla hizalayır. T-Coffee isə çoxsaylı ilkin hizalama nəticələrindən istifadə edərək daha dəqiq bir nəticə yaradır. 2. Bağlantılı kitabxana (Library) yaradılması T-Coffee, hizalanacaq ardıcıllıqları əvvəlcə fərqli metodlarla cüt-cüt hizalayır və bu nəticələri bağlantılı kitabxana (library) adlanan verilənlər bazasında saxlayır. Bu kitabxana hər bir hizalama mövqeyinin etibarlılıq dərəcəsini göstərir. 3. Konsensus(Ardıcıllıq) matrisi (Consistency Matrix) Bağlantılı kitabxanada toplanan məlumatlardan istifadə edərək konsensus matrisi qurulur. Bu matris fərqli hizalama metodları arasında ən sabit və etibarlı uyğunluqları seçməyə kömək edir. 4. Proqressiv hizalama (Progressive Alignment) Konsensus matrisi əsasında ardıcıllıqlar filogenetik ağac strukturu üzrə hizalanır. Ən uyğun cütlər əvvəl hizalanır, sonra isə daha mürəkkəb hizalama mərhələləri həyata keçirilir. 5. Dəqiqlik və adaptivlik T-Coffee ənənəvi metodlardan daha dəqiqdir, çünki birdən çox hizalama strategiyasını birləşdirir. Nəticələr təkrarlana bilən və etibarlı olur, çünki T-Coffee ardıcıllıq məlumatlarını analiz edərkən daha çox referens alqoritmlərdən istifadə edir. Tətbiq sahələri Zülal və DNT ardıcıllıqlarının hizalanması – Müxtəlif orqanizmlərə aid genlərin və zülalların müqayisəli analizi. Evrim və filogenetik analizlər – Növlərin təkamül əlaqələrinin tədqiqi üçün istifadə olunur. Funksional genomika və proteomika – Zülal ailələrinin müqayisəsi və funksional təyinatı. Homologiya və ortologiya analizləri – Müxtəlif növlər arasında genetik oxşarlıqları aşkar etmək üçün istifadə edilir. Protein struktur analizləri – Xüsusilə Expresso kimi modifikasiyalar 3D protein strukturlarını hizalamaq üçün istifadə olunur. T-Coffee-nin müxtəlif ehtiyaclar üçün uyğunlaşdırılmış versiyaları mövcuddur: - M-Coffee – Bir neçə fərqli hizalama metodunu birləşdirən versiya. - Expresso – Protein struktur məlumatlarını nəzərə alaraq hizalanma aparır. - PSI-Coffee – PSSM (Position-Specific Scoring Matrix) modellərindən istifadə edir. - R-Coffee – RNT ardıcıllıqlarının hizalanması üçün optimallaşdırılmışdır.
https://en.wikipedia.org/wiki/T-Coffee
https://tcoffee.crg.eu/
https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/tcoffee?stype=protein
https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html#DOWNLOAD
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3125728/
https://tcoffee.org/
https://www.researchgate.net/publication/224022905_Using_the_T-Coffee_package_to_build_multiple_sequence_alignments_of_protein_RNA_DNA_sequences_and_3D_structures
https://en.wikipedia.org/wiki/T-Coffee
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1410914/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1538866/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1084323/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16736488/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3413671/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2396437/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2447777/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3125728/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2752613/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3303701/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3326335/
https://mybiosoftware.com/tag/t-coffee
https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/workshops/tcoffeetutorials/protein-alignment/t-coffee-default.html
https://tcoffee.crg.eu/apps/tcoffee/tutorial.html
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022283600940427
https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/workshops/tcoffeetutorials/protein-alignment.html
https://slideplayer.com/slide/9612621/#google_vignette
https://www.researchgate.net/figure/Layout-of-T-Coffee_fig3_11402335
Tarix : 1 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
