Bioconductor layihəsi - R proqramlaşdırma dili istifadə edilərək bioloji verilənlərin təhlili üçün hazırlanan açıq mənbəli bir platforma. Mahiyyəti Genomika, proteomika, epigenomika, transkriptomika, və digər bioinformatika sahələrində istifadə olunan geniş bir proqram alətləri toplusu təqdim edir. Bioconductor, dünya üzrə tədqiqatçılara bioloji məlumatları analiz etmək, təhlil etmək, və vizuallaşdırmaq üçün güclü və çevik alətlər təmin edir. Tarix Layihə, 2001-ci ildə Robert Gentleman və Vincent J. Carey tərəfindən başlanmışdır. R proqramlaşdırma dilinin yüksək səviyyəli statistika və məlumat təhlili imkanları ilə bioinformatika sahəsində böyük tələbat yaranmışdır. Bioconductor layihəsinin məqsədi, bioloji verilənlərin təhlili üçün açıq mənbəli, istifadəçi dostu, və güclü bir mühit təqdim etmək idi. Bu müddətdə Bioconductor platforması, bioloji tədqiqatlar üçün ən vacib vasitələrdən birinə çevrildi və biotexnologiya dünyasında böyük qəbul gördü. Əsas xüsusiyyətləri - Açıq mənbə və pulsuz əlçatanlıq: Bioconductor proqramları açıq mənbə kodlu olub, istifadəçilər proqramları öz ehtiyaclarına uyğun olaraq dəyişdirə və inkişaf etdirə bilərlər. Bu xüsusiyyət, bioloji təhlillər üçün geniş mütəxəssislər cəmiyyətinə imkanlar yaradır. - R ilə yaxın inteqrasiya: Bioconductor, R dilinin bioinformatika və statistik analiz sahəsindəki gücünü əsas götürərək inkişaf etdirilmişdir. R proqramı müxtəlif növ verilənlər üçün təhlil, modelləşdirmə, vizuallaşdırma və hesablama metodlarını dəstəkləyir, və Bioconductor bu imkanları bioloji verilənlər üzərində tətbiq etməyə imkan verir. - Geniş və müxtəlif paketlər kolleksiyası: Bioconductor, çoxsaylı paketlər təqdim edir. Bu paketlər genomik verilənlərdən tutmuş proteomik və metabolomik məlumatların təhlilinə qədər geniş spektri əhatə edir. Paketlər həmçinin transkriptomik analizlər, epigenomik verilənlər, mikroarray təhlili, sekanslaşdırma verilənlərinin təhlili və daha bir çox sahəni əhatə edir. - Modular və əlçatan infrastruktur: Bioconductor paketləri, müxtəlif tipli verilənlər və analiz növləri üçün xüsusi dizayn edilmiş alətlər təqdim edir. Həmçinin, platforma müxtəlif proqramlaşdırma dilləri və analiz alətləri ilə birləşdirilə bilən yüksək çevik bir infrastruktura malikdir. - Cəmiyyət dəstəyi: Bioconductor layihəsi, cəmiyyətin və tədqiqatçıların davamlı olaraq paketləri inkişaf etdirdiyi və müzakirə etdiyi geniş bir onlayn cəmiyyətə sahibdir. Bu, yeni alətlərin, metodologiyaların və yanaşmaların tez bir zamanda istifadəyə verilməsini təmin edir. Tətbiq sahələri - Genomika: Bioconductor, genomik verilənlərin analizində əvəzsiz bir rol oynayır. Xüsusilə, RNA-seq, DNA microarrays, və ChIP-seq kimi metodlarla toplanan verilənlərin təhlilini həyata keçirməkdə istifadə olunur. Bununla yanaşı, Bioconductor genomik verilənlərdə genetik variantların tapılması, mutasiyaların təhlili, gen ekspresiyasının qiymətləndirilməsi kimi əsas məsələlər üzrə inkişaf etmiş alətlər təqdim edir. - Proteomika: Bioconductor proteomik verilənlərin təhlilində də mühüm rol oynayır. Mass spectrometry ilə toplanan verilənlərdən istifadə edərək, proteinlərin miqdarı, qarşılıqlı əlaqələri və modifikasiyaları barədə ətraflı məlumatlar əldə etmək mümkündür. Proteomik verilənlərin təhlilində istifadə olunan paketlərə MSnbase, DEP və Prostar kimi alətlər daxildir. - Epigenomika: Epigenetik dəyişikliklər, gen ekspresiyasını tənzimləyən, lakin genomun sıralamasını dəyişdirməyən dəyişikliklərdir. Bioconductor, DNA metilasyonu, histon modifikasiyaları, RNA modifikasiyaları və digər epigenetik məlumatların təhlilini dəstəkləyən müxtəlif alətlər təqdim edir. ChIP-seq, ATAC-seq və digər metodlarla əldə olunan verilənlər Bioconductor ilə təhlil edilə bilər. - Mikrobiomika və Metagenomika: Bioconductor həmçinin mikrobiom tədqiqatları üçün də güclü bir resursdur. Mikrobiomun tərkibinin və funksiyasının təhlilinə imkan verən alətlər mikrobiomun müxtəlif cəmiyyətlər üzərində olan təsirini başa düşməkdə kömək edir. Metagenomik verilənlərdən istifadə edərək müxtəlif ekosistemlərin bioloji müxtəlifliyini öyrənmək mümkündür. Bioconductor-da çoxsaylı paketlər mövcuddur. Bəzi məşhur paketlər və onların funksiyalarına dair məlumatlar: - DESeq2: RNA-seq verilənlərində diferensial gen ekspresiyasını təhlil etmək üçün istifadə olunur. DESeq2, gen ekspresiyasının dəyişməsini müşahidə etmək üçün statistika metodları təklif edir. - edgeR: RNA-seq məlumatlarının təhlili üçün, xüsusilə diferensial ifadə analizində istifadə olunur. edgeR həmçinin mikroarray və digər təhlil növləri üçün də faydalıdır. - limma: Bu paket mikroarray verilənlərində və başqa yüksək ölçülü verilənlərdə xətti model yanaşmalarından istifadə edərək təhlil aparır. Həmçinin, müxtəlif tədqiqat dizaynlarına uyğun fərqlilikləri qiymətləndirmək üçün istifadə edilir. - Biobase: Bioconductor-un əsas paketlərindən biri olan Biobase, bioinformatika verilənlərinin idarə edilməsi və təhlili üçün əsas infrastruktur təmin edir. Bu paket müxtəlif növ verilənlərin (genomik, proteomik və s.) analizi üçün universal bir çərçivə təqdim edir. - GenomicRanges: Genetik verilənləri idarə etmək və analiz etmək üçün vacib bir paketdir. Genomda müxtəlif ardıcıllıq və mövqelər üzərində əməliyyatlar aparmağa imkan verir.
https://en.wikipedia.org/wiki/Bioconductor
https://bioconductor.org/about/release-announcements/
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780128205952000175
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780128012383115910
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780123944450000229
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0958166912001309
https://www.bioconductor.org/
https://www.bioconductor.org/
https://numfocus.org/project/bioconductor
https://blog.f1000.com/2016/07/14/going-with-the-workflow-an-interview-with-bioconductor/
https://rladiestunis-introduction2bioconductor.netlify.app/#1
https://blog.revolutionanalytics.com/2015/08/differences-in-the-network-structure-of-cran-and-bioconductor.html
https://www.tertiarycourses.com.sg/full-r-bioconductor-training.html
https://biosakshat.weebly.com/bioconductor-for-genomics-data-analysis.html
https://www.researchgate.net/figure/Overview-of-the-R-Bioconductor-package-SWATH2stats-A-SWATH2stats-uses-the-OpenSWATH_fig1_299985797
https://www.tertiarycourses.com.sg/wsq-bioinformatics-data-analysis-with-r-bioconductor.html
https://www.researchgate.net/figure/nteractive-visualization-of-R-Bioconductor-data-objects-using-the-epivizrChart-package_fig1_326456788
https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/docs/rintro/Lesson_8/
https://genomic.social/@bioconductor/112320114978435893
https://f1000research.com/slides/10-1149
Tarix : 2 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
