Stemloc - RNA struktur uyğunlaşdırılması və analizinə yönəlmiş xüsusi proqram təminatı. Mahiyyəti Bu proqram ehtimallı modellər (stochastic models) və stoxastik kontekst-sərbəst qrammatikalar (SCFGs) əsasında işləyərək bioməlumat elmi və hesablama biologiyası sahələrində geniş istifadə olunur. Bu proqram məlumat yönümlü yanaşma tətbiq edərək RNA molekullarının ikinci dərəcəli strukturlarını təhlil etməyə və uyğunlaşdırmağa kömək edir. Stemloc, əsasən stoxastik kontekst-sərbəst qrammatika (SCFGs) və Bayes ehtimalları prinsipləri əsasında işləyir. Stokastik Kontekst-Sərbəst qrammatika (SCFGs) Bu yanaşma, RNA strukturlarını modelləşdirmək və uyğunlaşdırmaq üçün istifadə edilən ehtimal əsaslı bir metoddur. SCFG-lər, baza cütləşmələrini və struktural kontekstləri nəzərə alaraq RNA ardıcıllıqlarının təhlilini aparır. Bayes yanaşması Proqram, RNA ardıcıllıqları arasında optimal uyğunlaşmanı müəyyən etmək üçün Bayes ehtimal modellərindən istifadə edir. İş prosesi Giriş məlumatlarının qəbulu: İstifadəçi RNA ardıcıllıqlarını və ya onların struktur məlumatlarını təqdim edir. Uyğunlaşdırma alqoritmlərinin işlənməsi: Proqram statistik modeldən istifadə edərək uyğunlaşdırmanı həyata keçirir. Eyni zamanda struktura əsaslanan modifikasiya və optimallaşdırma aparılır. Nəticələrin təqdimatı: Ehtimal paylanmaları, uyğunlaşdırma matrisləri və vizual çıxarışlar təqdim edilir.
https://en.wikipedia.org/wiki/Stemloc
https://www.researchgate.net/publication/7946280_Accelerated_Probabilistic_Inference_of_RNA_Structure_Evolution
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2732270/
https://epubs.siam.org/doi/10.1137/0145048
https://github.com/ihh/dart
https://authors.library.caltech.edu/records/64b05-1m385
https://tcoffee.org/Resources/aligner_list.html
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/13/1588/221758
https://www.lantek.com/us/software
https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-709-9_17
Tarix : 4 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
