DECIPHER – Bioloji ardıcıllıqların təhlili və genomik məlumatların emalı üçün nəzərdə tutulmuş açıq mənbəli proqram təminatı. Mahiyyəti O, əsasən DNT, RNT və zülal ardıcıllıqlarının analizini, filogenetik ağacların qurulmasını, taksonomik təsnifatı və metagenomikanı əhatə edir. DECIPHER proqramlaşdırma dili üçün hazırlanmışdır və Bioconductor platformasında yayımlanır. Bu proqram genom tədqiqatları, molekulyar biologiya, bioinformatika və ekoloji genetika sahələrində istifadə olunur. O, genlərin annotasiyası, mikrobiom analizləri və təkamül əlaqələrinin müəyyən edilməsi üçün geniş tətbiq sahəsinə malikdir. Tarix DECIPHER proqramı Viskonsin Universitetinin tədqiqatçıları tərəfindən hazırlanmışdır. Layihənin rəhbəri Erik Wright olmuşdur. İlk versiyası 2011-ci ildə təqdim edilib və o vaxtdan bəri davamlı yenilənərək geniş funksional imkanlar qazanmışdır. Proqramın açıq mənbəli olması sayəsində bioinformatika və genomika sahəsində çalışan alimlər onu öz tədqiqatlarında sərbəst şəkildə istifadə və inkişaf etdirə bilərlər. DECIPHER proqramı DNT, RNT və zülal ardıcıllıqlarının analizini aparmaq üçün çoxsaylı funksiyalar təqdim edir. Onun əsas imkanları: 1. Ardıcıllıqların keyfiyyət yoxlanışı və təmizlənməsi DNT və RNT ardıcıllıqlarında səhvlərin və artefaktların aşkarlanması. Səhv bazaların düzəldilməsi və alqoritmik filtrasiya. Genom ardıcıllıqlarının keyfiyyətinin optimallaşdırılması. 2. Homoloji ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması (Multiple Sequence Alignment, MSA) İrsi oxşarlıqları aşkarlamaq üçün çoxlu ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması. Struktur əsaslı və filogenetik uyğunlaşdırma metodları. Modifikasiya olunmuş Needleman-Wunsch və Smith-Waterman alqoritmlərinin dəstəklənməsi. 3. Filogenetik analizlər Orqanizmlər arasındakı təkamül əlaqələrinin qurulması. Filogenetik ağacların yaradılması və vizuallaşdırılması. Təkamül modellərinin və statistik təhlilin tətbiqi. 4. Taksonomik təsnifat və identifikasiya Bakteriya və digər mikroorqanizmlərin növ səviyyəsində müəyyən edilməsi. NGS (Next-Generation Sequencing) məlumatlarının təsnifatı. Verilənlər bazası ilə müqayisə edərək orqanizmlərin identifikasiyası. 5. Metagenomik və ekoloji genetik analizlər Kompleks ekoloji nümunələrdən genomik məlumatların çıxarılması. Bakteriya, virus və göbələklərin metagenomik təsnifatı. Mikrobiom tədqiqatları üçün optimallaşdırılmış metodlar. 6. Gen annotasiyası və strukturların analizi Gen və protein kodlaşdıran bölgələrin annotasiyası. İkinci dərəcəli RNT strukturlarının proqnozlaşdırılması. Genom ardıcıllıqlarında funksional bölgələrin müəyyənləşdirilməsi. Tətbiq sahələri - Bioinformatika: Genom və transkriptom ardıcıllıqlarının analizi. - Tibbi genetika: Xəstəliklərlə əlaqəli genetik markerlərin müəyyənləşdirilməsi. - Metagenomika: Ətraf mühit nümunələrindən alınan mikrobioloji məlumatların təhlili. - Biotexnologiya: Sənaye və kənd təsərrüfatı biotexnologiyasında genom manipulyasiyası. - Farmakogenomika: Fərdi dərman müalicələrinin optimallaşdırılması üçün genetik analizlər.
https://en.wikipedia.org/wiki/DECIPHER_(software)
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11001989/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38589369/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7161358/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4595117/
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/10/1565/1743491?login=false
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4135741/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3428302/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3264099/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6085705/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8445202/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10060727/
https://deciphertools.com/
http://www.deciphersoftware.com/
https://decipherip.com/
https://www2.decipher.codes/Downloads.html
https://www.deciphergenomics.org/
https://k2fly.com/decipher/
https://www2.decipher.codes/
https://www.softwareadvice.ie/software/82338/decipher
Tarix : 2 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
