Bowtie – Qısa DNT ardıcıllıqlarını böyük istinad genomlarına sürətli və yaddaş baxımından səmərəli şəkildə uyğunlaşdırmaq üçün istifadə olunan bioinformatika aləti. Mahiyyəti O, xüsusilə Next-Generation Sequencing qısaca NGS texnologiyalarında genom tədqiqatları, transkriptomika və epigenetika sahələrində geniş tətbiq olunur. Bowtie yüksək sürəti və az yaddaş istifadəsi ilə seçilir. Tarix Bowtie aləti Ben Langmead, Cole Trapnell, Mihai Pop və Steven L. Salzberg tərəfindən 2009-cu ildə Merilend Universitetində hazırlanmışdır. Bu alət, NGS texnologiyalarından əldə edilən böyük həcmli genom məlumatlarının daha sürətli və effektiv işlənməsi üçün yaradılmışdır. Əsas xüsusiyyətlər - Yüksək sürət və yaddaş səmərəliliyi – Bowtie böyük genomlar üçün minimal RAM istifadə edərək sürətli uyğunlaşdırma aparır. - Tək və qoşa uclu (single-end, paired-end) oxunuşları dəstəkləyir – Sekvens məlumatlarının daha dəqiq analizinə imkan yaradır. - Səhvləri və uyğunsuzluqları idarə edir – Sekvensləşdirmə zamanı yaranan səhvləri nəzərə alaraq məhdud sayda mutasiya və dəyişikliklərə icazə verir. - Çoxnüvəli (multithreading) dəstək – Paralel emal edərək sürəti artırır. - Standart çıxış formatları – SAM (Sequence Alignment/Map) kimi formatlarda nəticələri təqdim edir ki, bu da sonrakı bioinformatik analizlər üçün uyğundur. İş prosesin addımları - Genomun indeksləşdirilməsi – İstinad genomu BWT və FM-indeks vasitəsilə sıxışdırılaraq yaddaşa yazılır. - Oxunuşların işlənməsi – Giriş kimi təqdim olunan qısa DNT ardıcıllıqları (reads) uyğunlaşdırılır. - Seqmentlərin uyğunlaşdırılması – Oxunuşlar kiçik fraqmentlərə bölünərək istinad genomunda uyğunluq axtarılır. - Geri addımlama (backtracking) – Dəqiq uyğunluq tapılmadıqda, məhdud sayda mutasiya icazəsi ilə ən yaxşı uyğunluq seçilir. - Nəticələrin təqdim edilməsi – Uyğunlaşdırılmış oxunuşlar SAM formatında çıxışa göndərilir. İstifadəsi - Genom tədqiqatları – DNT ardıcıllıqlarının uyğunlaşdırılması və variasiyaların aşkar edilməsi. - Transkriptomika (RNA-Seq) – RNA sekvenslərinin istinad genomuna uyğunlaşdırılması. - Epigenetika (ChIP-Seq, Bisülfit Sekvensləşdirmə) – DNT-protein qarşılıqlı təsirlərinin və metilasiya nümunələrinin təhlili. - Metagenomika – Ətraf mühit nümunələrində mikroorqanizmlərin müəyyənləşdirilməsi.
https://en.wikipedia.org/wiki/Bowtie_(sequence_analysis)
https://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2690996/
https://www.semanticscholar.org/paper/Indexing-compressed-text-Ferragina-Manzini/43b52543490aa654705afad0dd6825180ff1b066
https://en.wikipedia.org/wiki/Semantic_Scholar#S2CID
https://dl.acm.org/doi/10.1145/1082036.1082039
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2705234/
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/25/15/1966/212427?login=false
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2672628/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3334321/
https://compbio.mit.edu/cummeRbund/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3322381/
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2009-10-3-r25
https://bowtie-bio.sourceforge.net/tutorial.shtml
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3010897/
https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/bowtie.html
https://www.furthlab.xyz/bowtie
https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq-flipped/lessons/04_alignment_using_bowtie2.html
https://ifluids.com.qa/bow-tie-analysis/
https://www.nature.com/articles/nmeth.1923
https://risktec.tuv.com/knowledge-bank/lessons-learned-from-the-real-world-application-of-the-bow-tie-method/
https://slideplayer.com/slide/10160776/
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780323897754000031
https://en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6474054/
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/31/3/436/2366259?login=false
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3426205/
Tarix : 2 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
