BLAT (BLAST-Like Alignment Tool) — Bioinformatik analizlərdə istifadə olunan sürətli və effektiv ardıcıllıq uyğunlaşdırma proqramı. Mahiyyəti BLAT, əsasən genom ardıcıllıqlarının uyğunlaşdırılması və verilənlər bazası ilə müqayisə edilməsi üçün istifadə olunur. O, BLAST alətinin bir növüdür, amma daha sürətli işləməsi və böyük genom məlumatları ilə işləyə bilməsi ilə seçilir. BLAT, genom məlumatlarının sürətli emalı və analizini təmin etmək üçün xüsusi olaraq optimallaşdırılmışdır və çoxlu ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması və qarşılaşdırılması məqsədilə geniş şəkildə istifadə edilir. Tarix BLAT aləti ilk dəfə 2002-ci ildə Kent tərəfindən hazırlanmış və ən çox genomik verilənlər bazalarının sürətli axtarışını təmin etmək üçün istifadə edilməyə başlanmışdır. O, xüsusilə genom xəritələmə, genom qarşılaşdırma və sekvensiya uyğunluğu tədqiqatları üçün geniş istifadə olunur. Əsas xüsusiyyətləri 1. Sürətli ardıcıllıq uyğunlaşdırması BLAT, DNT və RNT ardıcıllıqlarının sürətli uyğunlaşdırılmasını təmin edir. Bu xüsusiyyət, böyük genom verilənlər bazalarında ardıcıllıqların sürətli axtarışını mümkün edir. BLAT, xüsusilə genom xəritələməsi, transkriptom analizləri və genetik analizlər üçün çox faydalıdır. 2. İki ardıcıl seçim BLAT aləti, "exact matches" (dəqiq uyğunluqlar) və "near matches" (yaxın uyğunluqlar) üçün uyğunlaşdırma təmin edir. Dəqiq uyğunluqlar verilənlər bazasında ardıcıllıqların tam uyğunluğunu müəyyən edərkən, yaxından uyğun olanlar isə kiçik dəyişikliklərlə (məsələn, tək dəyişənlər və ya qısa silinmələr) uyğunluğu təyin edir. 3. Genomik verilənlər bazası ilə uyğunlaşdırma BLAT, genom ardıcıllıqlarını böyük verilənlər bazalarına sürətli şəkildə uyğunlaşdırmaq üçün optimallaşdırılmışdır. Məsələn, UCSC Genome Browser verilənlər bazasında olan genetik məlumatlar ilə uyğunlaşa bilir. Bu, genomik annotasiya, verilənlər bazası axtarışı və genom qarşılaşdırma üçün çox faydalıdır. 4. Qismən uyğunluq dəstəyi BLAT, bütün ardıcıllığın tam uyğunluğuna ehtiyac olmadan qismən uyğunluğu müəyyən etmək üçün çox effektivdir. Bu, genetik analizlər və müxtəlif növ ardıcıllıq tədqiqatları üçün faydalıdır. Həmçinin, qismən uyğunluqlar bir-birinə çox oxşar, amma müəyyən yerlərdə fərqlənən ardıcıllıqlar üçün də istifadə olunur. 5. Dəqiqlik və nəticə təsnifatı BLAT nəticələrinin keyfiyyəti yüksəkdir və ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması zamanı təhlil edilmiş bölgələrdə mümkün olan ən yüksək dəqiqliyi təmin edir. Bu, bioloji ardıcıllıqların düzgün təhlili və anlayışının əldə edilməsi üçün çox əhəmiyyətlidir. 6. İnteqrasiya və əlavə alətlər BLAT, digər bioinformatik alətlərlə və genomik verilənlər bazaları ilə inteqrasiya olunmaq üçün hazırlanmışdır. UCSC Genome Browser bu alətə inteqrasiya olunmuş əsas platformalardan biridir. BLAT həmçinin bir çox bioinformatik təhlil proqramları ilə uyğun işləyir, beləliklə, ardıcıllıq uyğunlaşdırılması prosesini asanlaşdırır. İstifadəsi 1. Genomik xəritələmə BLAT, xüsusilə genom xəritələməsi və genom qarşılaşdırılması üçün istifadə olunur. O, genom ardıcıllıqlarını sürətli şəkildə uyğunlaşdırmaq və yeni genomlar üçün annotasiya təklif etmək üçün geniş istifadə olunur. 2. Genetik marker axtarışı BLAT, genetik markerlərin tapılması və genomda olan spesifik gen bölgələrinin araşdırılması üçün istifadə olunur. Bu, təkamül tədqiqatları, xəstəliklərə səbəb olan genetik variantların aşkarlanması və tibbi diaqnostikada çox əhəmiyyətlidir. 3. Genetik təhlil və transkriptom araşdırmaları BLAT, transkriptomik tədqiqatlar üçün də istifadə olunur. DNT ardıcıllıqlarını RNA seq məlumatları ilə müqayisə edərək gen ifadə səviyyələrini qiymətləndirmək mümkündür. 4. Mikrobiom araşdırmaları Metagenomik tədqiqatlarda BLAT istifadə edərək mikroorqanizmlərin genomik məlumatlarının sürətli müqayisəsini və analizini aparmaq mümkündür. 5. Filogenetik təhlil Filogenetik əlaqələrin müəyyən edilməsi üçün BLAT istifadə edilə bilər. Filogenetik ağacların qurulmasında genetik ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması və uyğunlaşma nəticələrinin təhlili mühüm rol oynayır. BLAT-ın alternativləri arasında BLAST, BWA, Bowtie və STAR kimi digər ardıcıllıq uyğunlaşdırma alətləri yer alır. Bu alətlər arasında BLAT daha sürətli işləməsi ilə seçilir, amma bəzi xüsusiyyətlərdə digər alətlərə nisbətən daha az dəqiqlik təklif edə bilər.
https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)
https://www.nature.com/scitable/topicpage/basic-local-alignment-search-tool-blast-29096/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/284370810
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC187518/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC146917/
https://archive.org/details/bioinformatics00wile
https://genome.ucsc.edu/
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3603215/
https://www.vectorbee.com/en/?gad_source=1&gclid=CjwKCAiAzPy8BhBoEiwAbnM9OzlXBTCPxh2TxzSe0KWlx8woqVkRecghiH2ZPbPet7AyzeDpXdCp_RoCQDwQAvD_BwE
https://www.sophiagenetics.com/sophia-ddm-for-genomics/alamut-visual-plus/
https://310.ai/docs/folding?gad_source=1&gclid=CjwKCAiAzPy8BhBoEiwAbnM9O_RnJwgZQNBB7RJMDqZvdbgkitAfYcFo-aVKgCwfjMDJRX7xnqQqfxoCXDAQAvD_BwE
https://genomes.atcc.org/?matchtype=b&network=g&device=c&adposition=&keyword=genome%20sequencing&gad_source=1&gclid=CjwKCAiAzPy8BhBoEiwAbnM9O-nVStgCoTh2pKAewE0MNKfjD6pnyG3Y8lvq445taZ5elDtduHIHLhoC_JEQAvD_BwE
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
https://github.com/djhshih/blat
https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/blatSpec.html
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2597-8
https://hcc.unl.edu/docs/applications/app_specific/bioinformatics_tools/alignment_tools/blat/
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://evomics.org/resources/software/assembly/blat/
https://www.biocode.ltd/biocodekb-bioinformatics-knowledgeb/blast-and-blat
https://microbenotes.com/blast-bioinformatics/
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Tarix : 2 fevral 2025
Əksi qeyd olunmayıbsa, bu məzmun CC BY-SA 4.0 çərçivəsində yayımlanır.
